1003种细菌和古生菌分离株的参考基因组

在一项新的研究中，由来自美国能源部联合基因组研究院（Joint Genome Institute, JGI）的研究人员领导的一个国际研究团队发布了1003种细菌和古生菌的参考基因组，从而将现存的细菌和古生菌菌株数量增加一倍，并且将它们已知的微生物系统发育多样性增加大约24%。这些基因组代表着“迄今为止单次发布的最大参考基因组数量”。相关研究结果于2017年6月12日在线发表在Nature Biotechnology期刊上，论文标题为“1,003 reference genomes of bacterial and archaeal isolates expand coverage of the tree of life”。
这些研究人员写道，“我们揭示出微生物群落中潜在重要的之前因缺乏参考基因组而不能知道其生物分类的成员。”
根据一份新闻稿，这些基因组是根据从多种来源（包括人体、植物、土壤、海水和白蚁肠道）中分离出的宏基因组数据构建出来的。这些努力是细菌与古生菌基因组百科全书计划（Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea Initiative, GEBA-I）的一部分。GEBA-I旨在鉴定出未发现的蛋白和基因，以及改进科学家们当前对微生物进化的理解。
这份新闻稿报道，这个项目花了十年才完成，是美国能源部发起的一个更大计划的一部分，目的在于更好地理解微生物在“调节地球的生物地化循环”中发挥的作用。
这些研究人员也研究了这些基因组编码的新的蛋白家族的数量，并且将已知的蛋白序列的多样性增加了大约10%。此外，他们揭示出大约24000个新的生物合成基因簇，即编码生物合成酶的基因。这些生物合成酶在产生微生物次生代谢产物中发挥着重要作用。
论文通信作者Nikos Kyrpides在这份新闻稿中说道，“细菌和古生菌已征服了地球上的每个环境，这是因为它们已找到利用不同的酶和不同的生化性质在最严酷条件下存活下来的方法。”